Francmasoneria a fost comparata cu un salcâm bătrân având mai multe rădăcini (mișcări, societăți, bresle sau ordine mai mult sau mai puțin ezoterice, de la care a moștenit idei, ritualuri si simboluri) si mai multe ramuri (obedientele si ritualurile actuale). Multe legende, unele ostile, circula despre originile masoneriei: unele implica preoții Egiptului antic, altele pitagoreicii, altele pe Cavalerii Templieri. Înșiși francmasonii sunt de păreri diferite în aceasta privința. Ce este sigur, potrivit istoricului mason Albert Mackey, este ca francmasoneria in forma ei actuala a apărut in Marea Britanie in secolul al XVIII-lea. Potrivit istoricilor D. G. R. Serbanescu si Jacques Pierre, masoneria a apărut in tarile romane spre mijlocul sec. al XVIII-lea si s-a dezvoltat rapid la începutul secolului următor.
Astăzi, principalele simboluri masonice suant cele trei mari lumini: echerul, compasul si volumul Legii Sacre, precum si litera „G”, scrisa in interiorul unui echer si al unui compas, care reprezintă de fapt inițiala cuvintelor „God” (zeu), „geometrie, generare, geniu, gnoza”… Albert Mackey considera ca masonii au fost învățați că „masoneria și geometria sunt sinonime” și că „simbolurile geometrice care se găsesc in ritualurile francmasoneriei moderne pot fi considerate rămășitele secretelor geometrice cunoscute de masonii Evului Mediu, despre care acum se crede ca s-au pierdut”. Geometria oculta, denumita uneori „geometrie sacra”, folosește de mult timp simboluri geometrice, ca de exemplu cercul, triunghiul, pentagrama etc., pentru ilustrarea unor idei metafizice si filozofice.
Christopher Knight si Robert Lomas au dat o interpretare interesanta bine-cunoscutelor simboluri masonice echerul si compasul. Ei susțineau ca au apărut ca o forma stilizata a vechiului simbol pentru puterea regala – o piramida a cărei baza reprezenta puterea terestra, peste care era gravata o piramida întoarsă, care reprezenta puterea cereasca a preotului. Aceste piramide ale puterii creează, prin alăturare, simbolul ajuns sa fie cunoscut sub numele de „Steaua lui David”. Potrivit celor doi autori, simbolul a fost folosit pentru prima oara pe scara larga când a apărut pe frontispiciul unui mare număr de biserici medievale, iar cele mai timpurii exemple de folosire a acestuia pe clădirile ridicate de Cavalerii Templieri. Utilizarea sa in sinagogi a apărut mult mai târziu.
Una dintre tradițiile masonice susținea ca Avraam, patriarhul evreilor, le-a transmis egiptenilor învățături speciale înainte de potop. Mai târziu, învățăturile (despre care se spunea ca ar fi reprezentat opera legendarului Hermes Trismegistus) au fost adunate de filosoful Euclid intru-un volum. El le-a studiat sub denumirea „geometrie”. Inițial grecii, apoi romanii, au numit aceasta disciplina „arhitectura”.
Legendele masonice plasează formarea organizației in epoca Turnului Babel si in cea a construirii Templului din Ierusalim de către regele Solomon, despre care se pomenește in Biblie. Or, potrivit lui Mircea Eliade „istoria începe in Sumer”. Practic, începuturile masoneriei operative reprezintă începuturile culturii urbane, construcția primelor orașe – cetăți. Din punct de vedere al preistoriei speciei umane însă, omul a fost dintotdeauna un cioplitor al pietrei. Cindy arta cioplirii pietrei a fost combinata cu geometria, a apărut Arhitectura. Primii Mari Maeștri au fost, de fapt, Arhitecți.
Masonii din epoca medievala preluaseră atât cunoștințele in materie de construcții, cat si modelul de organizare de la „arhitecții Lombardiei”. Aceasta breasla din nordul Italiei a fost prima ai cărei membri si-au asumat numele de „francmasoni”, care a devenit prescurtarea pentru „Ordinul frățesc al cioplitorilor in piatra liberi si recunoscuți ca atare”. Expresia „recunoscuți ca atare” era folosita in cazul membrilor intrați mai târziu in ordin si care nu aveau nicio legătura cu întemeietorii acestuia, cioplitorii in piatra. O lucrare de alchimie in care se pomenește expres termenul de „francmason” poate fi datata in anii ’50 din secolul al XV-lea. Alți cercetători masoni susține ca apariția ordinului poate fi datata istoric in perioada Romei antice, contemporan cu „colegiu fabrorum” (colegiul muncitorilor) – un grup de constructori si arhitecți devenit un prototip pentru organizarea ulterioara a breslelor. Majoritatea scriitorilor plasează apariția secretelor masonice in epoca existentei preoților războinici, eroi ai cruciadelor, „cavalerii templieri”. Un scriitor din secolul al XVIII-lea susținea ca francmasoneria moderna ar fi fost întemeiata de Godefroy de Bouillon, liderul primei cruciade, care a cucerit Ierusalimul si despre care se spune ca ar fi întemeietorul misterioasei „Stareții a Sionului”. Secretele privitoare la originea francmasoneriei au fost păstrate cu strășnicie, in ciuda publicării a numeroase cârti si articole referitoare la acest subiect. Walter Leslie Vilmshurst, un mason de seama si autor al lucrării „The Meaning of Masonry”, scria: „Adevărata istorie secreta a apariției masoneriei nu a fost făcută publica nici in rândurile organizației însăși”. In epoca in care patru loji londoneze au format o „Mare Loja Unita” in 1717, francmasoneria speculativa ajunsese sa domine complet întemeietorii acestei organizații – zidarii sau „masonii lucrători”. Francmasoneria si-a dobândit cunoștințele ezoterice mai ales de la masonii speculativi, filosofi, alchimiști, heretisit sau rozacrucieni. Originile francmasoneriei nu pot fi identificate din nicio sursa sigura, dar ordinul a apărut dintr-o combinație de tradiții care au evoluat si s-au contopit într-o perioada mai lunga de timp.
Francmasoneria a continuat sa își lărgească tot mai mult rândurile, iar in 1720 au fost înființate loji masonice in Franța, sub auspiciile Marii Loji Unite din Anglia. Acestea au format in 1735 o Mare Loja la Paris. Marea Loja era diferita de lojile scoțiene, care fuseseră formate după ce Carol I Stuart fugise din Anglia. Tensiunile dintre cele doua ramuri ale masoneriei franceze s-au accentuat in 1746, odată cu exilarea din Anglia a lui Carol Eduard, poreclit „Scumpul print Charlie” Stuart, sau „tânărul pretendent”, si a susținătorilor lui care au încurajat folosirea ordinului in scopuri politice.
In acea epoca a devenit cunoscuta marelui public adevărata origine a francmasoneriei. In 1737, profesorul fiilor printului Carol Eduard care era si membru al Societății Regale, Andrew Michael Ramsey, a rostit un discurs in fata francmasonilor din Paris, discursul supranumit „Cuvântarea lui Ramsey”, in care acesta declara: „Ordinul nostru a format o uniune de nedespărțit cu Cavalerii Sf. loan de la Ierusalim” – ordin foarte apropiat de cel al templierilor. Ramsey mai spunea ca francmasoneria era legata de școlile antice ale misteriilor, patronate de zeița greaca Artemis si de cea egipteana Isis.
Masonul german, Karl Gotthelf Baron von Hund a devenit membru al lojei din Frankfurt si in 1751 a întemeiat aici o filiala a ritului scoțian, numita „Ordinul strictei observanțe”; după rostirea jurământului ce prevedea supunerea necondiționata fata de ordinele unor superiori misterioși si „nevăzuți”, așa cum a fost descris pe parcursul volumului, ordinul a sfârșit prin fuziunea dintre Ordinul Iluminaților si francmasoneria germana, in timpul congresului de la Wilhelmsbad. Hund a recunoscut ca ducea mai departe tradițiile cavalerilor templieri, care fuseseră constrânși la începutul secolului al XIV-lea de regimul lui Filip cel Frumos, regele Franței, sa se autoexileze in Scotia. Membrii acestui ordin s-au autoproclamat „Cavaleri ai Templului”. El pretindea ca ar transpune in viată ordinele unor „superiori necunoscuți” a căror identitate si loc de reședința nu erau precizate niciodată, in timp ce alții au pretins ca acești „superiori” nu erau oameni. Majoritatea cercetătorilor cred ca ei erau probabil susținătorii iacobiti ai Stuartilor, care au murit sau si-au pierdut credința după înfrângerea tânărului pretendent la tron.